Однажды в небе открылся портал между мирами, через который в наш мир проникли два существа, обладающие невероятной силой. Они стали сражаться друг с другом, оставляя после себя хаос и разрушения. Так образовался таинственный разлом, который решают исследовать двое учёных, однако после второй экспедиции они пропадают. Спустя годы их дети решают отправиться на поиски родителей.
Акихабара — интересное место, где живут самые разные люди — от слегка не в своей фазе до совсем сумасшедших. Именно в этой компании собралась Лаборатория проблем времени, расположившаяся над старым телемагазином. Ее возглавляет 18-летний Ринтаро Окабе, сумасшедший ученый и борец с глобальным заговором. Нужен, конечно, и хакер — вот он, Итару Хашида, естественно толстяк и настоящий отаку. Добрая фея лаборатории — Маюри Шиина, подруга детства Ринтаро, официантка в мейд-кафе и любительница
Действие происходит во временной шкале бета-версии. Ринтаро Окабе, путешествуя во времени, пытался спасти свою возлюбленную, но вместо этого случайно убил ее. Страдая от посттравматического синдрома и чувства вины, парень узнает, что существует программа, позволяющая загружать сознание человека в искусственный интеллект. И, к его удивлению, оказывается, что существует цифровая версия его погибшей девушки.