Жизнь двух подростков резко меняется после того, как пожар в лесах Калифорнии пробуждает страшное сверхъестественное существо.
После поражения их старейшего врага Шреддера семья черепашек распалась. Помимо борьбы за единство семьи, их сэнсэй Сплинтер также обеспокоен происходящим в Нью-Йорке. Технопромышленник Максимилиан Винтерс готовит армию древних монстров, остановить которых сможет только суперкоманда бойцов-ниндзя — Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль. Вместе со своими бывшими товарищами Эйприл О’Нил и Кейси Джонс черепашки вновь борются за свою жизнь, им вновь предстоит столкнуться с таинственным кланом